A pesquisa no PPgSI é realizada considerando um conjunto de eixos de pesquisa ortogonais. Esses eixos de pesquisa são formados pela intersecção entre as duas Linhas de Pesquisa e suas Áreas de Pesquisa (da Ciência da Computação) e diversas Áreas de Aplicação, o que reflete a natureza de pesquisa inerentemente aplicada e interdisciplinar do contexto de Sistemas de Informação.